conformità lavori

Salve, il RUP di un ente (Provincia) ha evidenziato delle incongruenze sulla conformità dei lavori realmente eseguiti e mi ha restituito la Relazione sul conto finale ed il Cerrtificato di regolare esecuzione. Ho verificato l'effettriva difformità e l'ho trasmessa al RUP. Come mi devo comportare con la Relazione sul conto finale ed il Certificato R.E.? Grazie in anticipo.