PdC e Regolamento Edilizio

Salve a tutti,
spero che qualcuno mi dia una mano.
Ho presentato presso un comune limitrofo a Roma, una pratica per permesso di costruire per la costruzione di alcune villette. Il progetto era chiaramente in linea con il regolamento comunale che prevedeva, nella mia zona di PRG, di scoprire un lato del piano seminterrato della mia costruzione. (bella svolta)
Consegnata la pratica il giorno 28 ottobre 2015 ho atteso il placido trascorrere dei 60 gg previsti da normativa nazionale fino al mese di Gennaio quando ho cominciato a contattare l'ufficio tecnico al fine di ottenere il mio bel permessino.

Dopo grandi attese e rinvii (no architetto la pratica non l'abbiamo ancora guardata, ecc ecc ), il giorno 11/02 quindi più o meno più di 100 giorni dopo il protocollo, il tecnico del comune ha mandato una raccomandata all'intestatario del permesso dicendo che il progetto andava adeguato al nuovo regolamento edilizio. (BOOM!) sono andata all'ufficio tecnico comunale una settimana si e una no da luglio a ottobre, ti protocollo una richiesta importante e non mi dici che sta per cambiare il regolamento edilizio?
Devo togliere un portico al piano terra e interrare per il 50% il lato del piano che prima era scoperto. Oltre a altre cosette come togliere un ingresso al piano seminterrato.

Il nuovo regolamento edilizio è stato "Adottato con D.C.C. n. 53 del 22/10/2015 e pubblicata in data 06/11/2015".
La mia pratica è protocollata il 28/10/2015 ......
Secondo voi ci stanno gli estremi per chiedere così profonde modifiche ?