Pratica di compatibilità paesaggistica e conformità urbanistica

Salve a tutti, mi servirebbe un vostro parere. Uno stabile vincolato di proprietà di un ente pubblico ha subito con il passare del tempo delle modifiche non autorizzate da parte dei diversi inquilini che si sono succeduti. Questo stabile ora è in locazione a una cooperativa alla qualche il comune ha richiesto alcuni interventi manutentivi e, siccome il locale non è conforme paesaggisticamente e urbanisticamente parlando, non possono portare avanti i lavori. Quindi hanno fatto una richiesta al proprietario (ricordo essere un ente pubblico) di conformizzarlo istruendo e inoltrando loro le pratiche ma come risposta hanno avuto un Nulla Osta a procedere loro stessi (cooperativa). Ora: ma se la cooperativa inoltra le pratiche, le sanzioni a chi le applicano? Il proprietario è obbligato a inoltrarle a nome suo?