Accertamento di conformità di opere in difformità dal titolo abilitativo

Ho la necessità di conoscere la procedura per il rilascio di accertamento di conformità di opere di modesta entità eseguite in parziale difformità al titolo abilitativo di ristrutturazione edilizia rilasciato (realizzazione di una porta-finestra al posto di una finestra) di edificio esistente posto in ambito di tutela ambientale (rispetto a un torrente); intervento edificatorio già oggetto di autorizzazione paesaggistica.
Poichè l'autorizzazione paesaggistica rilasciata non entra nel merito dei prospetti dell'edificio oggetto di intervento, si ritiene che l'irregolarità commessa (commessa dal committente, all'insaputa della DL), possa essere ritenuta variazione minore, da non assoggettare ad ulteriori nullaosta di soprintendenza oppure è necessario ottenere una ulteriore autorizzazione?
In quest'ultimo caso l'Amministrazione comunale, rilasciando l'accertamento di conformità previa autorizzazione paesaggistica, conseguente alla disamina della compatibilità paesaggistica, da parte della soprintendenza, è obbligata a segnalare l'irregolarità commessa al magistrato, per l'eventuale illecito di natura penale?
Grazie