Difformità interne in edificio condonato al rustico da ristrutturare

Buongiorno avrei bisogno di un consiglio. Mi trovo ad affrontare la ristrutturazione di un'unità abitativa seminterrata (un lato controterra e tre lati liberi) la cui costruzione è stata leggittimata con condono del 1985. Il locale è stato sanato come "al rustico" quindi non ultimato. Nella fase di rilievo lo stato dei luoghi risulta differente da quanto sanato, sono stati di fatto gli impianti, la pavimentazione e il bagno "finito". Anche la posizione dell'angolo cottura risulta differente da quanto condonato. Il progetto prevede il rifacimento delle pavimentazioni, del bagno, lo spostamento dell'angolo cottura e la modifica delle aperture in facciata. Questa unità abitativa, assieme ad un'altra unità funzionalmente separata, che non sarà interessata da questi futuri interventi ma che risulta nella stessa pratica edilizia di condono, sono in possesso dell'abitabilità. Come mi devo muovere per poter presentare correttamente la pratica per la ristrutturazione del locale seminterrato?