PRATICA EDILIZIA - ristrutturazione

Buongiorno avrei bisogno di un chiarimenti in merito a dei lavori di ristrutturazione. L'attuale immobile presenta allo stato attuale delle difformità rispetto a quanto riportato sul catastale sia delle tramezzature interne che sulla pareti perimetralmente , in particolare sull'inversione di due aperture : 1) allo stato attuale è presente una finestra sul bagno che affaccia al balconcino mentre sul catastale definisce una porta finestra, adiacente al bagno sul lato sx è presente la cucina 2) La cucina allo stato attuale presenta l'apertura di una portafinestra che attualmente fa accedere allo stesso balconcino collocata ortogonalmente rispetto alla finestra dell'attuale bagno. Nella planimetria catastale tale porta finestra non è presente , diversamente riporta la chiusura del muro. Quindi dove è la finestra del bagno ( stato attuale ) in planimetria ho un portafinestra , mentre la portafinestra in cucina( stato attuale ) ho la chiusura perimetrale del muro. Quindi volevo sapere aprendo una SCIA posso regolare la conformità sia della parte perimetrale che delle modifiche interne?