consulenza a ente pubblico

Ciao a tutti, e grazie in anticipo a chi saprà darmi chiarimenti su una questione che non riesco a dirimere. Devo rilasciare fattura a un ente pubblico (organo ministeriale) per una consulenza continuativa, di importo notevole. L'importo a me assegnato, con apertura contabilità speciale all'uopo, è X. Secondo l'ufficio contabile dell'ente, in regime IVA normale la mia fattura dovrebbe essere (in soldoni, non conto la cassa): imponibile + IVA - ritenuta d'acconto IRPEF = compenso X. Sempre secondo lo stesso ufficio, in regime agevolato dovrebbe invece essere: imponibile + IVA = compenso X. Io ho regime agevolato, e come vedete, ci guadagnerei meno che non col regime normale (sic!). La mia commercialista, habituée del privato, non capisce perché l'ente, in questo caso, non possa agire da sostituto d'imposta per l'IVA. L'ente a sua volta, habitué del pubblico, non conosceva il regime agevolato prima che glielo presentassi io (!). Come vedete sono due sordi che si parlano. Qualcuno mi sa dare una spiegazione? Grazie...